A partir de 1145 empiezan a llegar a la Península Ibérica fuerzas musulmanas de un imperio emergente conocido como el Imperio Almohade. Este imperio emerge en el norte de África y pretendía revitalizar militarmente Al-Ándalus, que se encontraba entonces dividida en los distintos reinos de Taifas. El fundador y líder espiritual del movimiento almohade, Ibn Tumart, en la línea de las doctrinas chiitas, proponía una vuelta a la pureza del islam frente a la relajación religiosa de sus antecesores almorávides. Su concepto de yihad incluía enfrentarse tanto a los cristianos como a los propios musulmanes que se habían alejado de la ortodoxia del Corán. En pocos años consiguieron unificar bajo su mando las diferentes taifas y formar un imperio que se extendía desde Lisboa hasta Trípoli, incluyendo todo el Magreb.
Por aquel entonces, los reinos cristianos en la Península eran cinco: Portugal, León, Castilla, Navarra y Aragón. Estos reinos se encontraban inmersos en distintas luchas por el control territorial de la frontera, circunstancia que fue aprovechada por el califa Yusuf II, quien consiguió avanzar posiciones replegando a las tropas cristianas hasta Toledo. Durante ese periodo, los cristianos sufrieron una terrible derrota en la batalla de Alarcos, donde el rey castellano Alfonso VIII tuvo que escapar para salvar la vida. La situación crítica de los reinos cristianos llevó a los distintos reyes a dejar de lado sus disputas personales y unirse frente al enemigo común: el islam.
Alfonso VIII quería continuar la labor que su abuelo Alfonso VII, llamado el Emperador, de encabezar a los distintos reyes cristianos frente a la lucha contra los musulmanes. Una figura imprescindible para lograr sus propósitos sería el arzobispo de Toledo Rodrigo Jiménez de Rada, quien consiguió que el Papa Inocencio III promulgase una bula según la cual excomulgaba a todo rey cristiano que hiciera la guerra contra otros reyes cristianos durante la campaña. Por si esto fuera poco, proclamó la santa cruzada contra los almohades, lo que sirvió de llamada para que caballeros cruzados europeos acudieran a la empresa que preparaba Alfonso VIII.
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Por fin en mayo de 1212 se consiguió reunir en Toledo un ejército lo suficientemente numeroso como para hacer frente a los ejércitos de An-Nasir, califa sucesor de Yusuf II. Existe un debate historiográfico entre distintos autores en torno a las cifras de soldados de ambos ejércitos. El profesor Martín Alvira estima que el ejército cristiano se componía de entre 3.500 y 5.500 caballeros y de unos 7.000 a 12.000 soldados de infantería. Por otro lado, García Fitz considera que una empresa de estas dimensiones en aquella época no podía rebasar, por cuestiones de logística, los 12.000 efectivos. Las fuentes de la época nos aseguran que el ejército de An-Nasir se componía de unos 100.000 hombres, pero seguramente estos datos se hayan exagerado. Pese a todo hay que tener en cuenta que una batalla campal en la Edad Media era un hecho muy inusual, y que suponía siempre para los contendientes el mayor despliegue de fuerzas que podían emprender. Era prácticamente como jugárselo todo a una carta.
Así pues después del avituallamiento necesario de alimentos y agua, el 20 de junio de 1212 se dio la orden de partida. Gracias a los documentos de Jiménez de Rada sabemos que acompañando a las huestes de Alfonso VIII de Castilla estaban los ejércitos de Pedro II de Aragón y de Sancho VII de Navarra. A esto hay que sumarle también los numerosos voluntarios venidos de León, Ávila, Segovia, Burgos, Medina del Campo y muchas otras ciudades hispánicas. Por último hay que añadir los caballeros cruzados ultramontanos, guerreros de élite acompañados de sus escuderos y peones, venidos de Francia, Italia y Alemania que habían acudido a la llamada de Inocencio III.
Estas tropas ultramontanas habían estado en las cruzadas de Tierra Santa, y tenían por costumbre no conceder ninguna merced a los infieles. Sin embargo, Alfonso VIII no quería que las tropas tuvieran enfrentamientos con la población civil, sobre la cual tendría que gobernar en caso de conquista. Pese a todo, cuando los cruzados llegaron a Malagón, primer bastión de tropas almohades, y rindieron la ciudad, se produjo una masacre entre los vencidos. Alfonso VIII, que llegó dos días después de los hechos, no pudo hacer nada para evitar la matanza. Más adelante, cuando las tropas llegaron a la fortaleza de Calatraba, esta se rindió sin presentar batalla por miedo a las represalias. En esta ocasión, la presencia del rey castellano logró evitar la confrontación con la población civil, lo que causó un gran descontento entre los caballeros cruzados. Una gran parte de ellos decidieron abandonaron la campaña y regresar a sus países de origen. Suponía perder casi un tercio de los efectivos, un duro mazazo para la moral de los ejércitos cristianos. Los reyes hispánicos se quedaban solos en la contienda.
Los ejércitos cristianos llegaron el viernes 13 de julio a las llanuras de Sierra Morena. El ejército de An- Nasir esperaba en un emplazamiento estratégico algo elevado y en posición defensiva. Después de algunas escaramuzas los días siguientes se acordó que el lunes 16 tuviera lugar la gran batalla. Según cuentan las crónicas los ejércitos cristianos se dispusieron en tres bloques, cada uno al mando de uno de los reyes: Alfonso VIII y sus tropas, que componían el grueso del ejército, ocupaban la sección central; en el flanco izquierdo se situaban las tropas de Pedro II de Aragón; y en el flanco derecho los hombres bajo el mando de Sancho VII de Navarra.
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Frente a ellos las tropas de An-Nasir esperaban en superioridad numérica y en posición ventajosa. Contaban en sus filan con un gran número de arqueros, ballesteros, honderos y lanzadores de jabalina. Los ejércitos almohades llevaban a cabo una estrategia conocida como tornafuye, que consistía en batirse en retirada tras una primera carga de los enemigos para realizar luego un contraataque con el apoyo de las fuerzas de élite que se situaban en el centro. Mientras tanto, la caballería ligera arquera se desplazaba por ambos flancos del ejército enemigo en un movimiento envolvente y los desgastaba con sucesivas ráfagas de flechas. Era la misma maniobra que habían realizado años atrás en la batalla de Alarcos. Alfonso VIII no lo había olvidado y contaba con ello.
Comenzó la batalla al amanecer. Después de la primera carga de la vanguardia cristiana bajo las órdenes de Diego López II de Haro, los musulmanes emprendieron la previsible retirada. En ese momento entraron en acción las tropas de caballería arquera por los flancos. López de Haro ordenó entonces estabilizar el haz para no internarse mucho en el campo de batalla, y así no quedar envuelto por las tropas almohades. Fue llegando el medio día cuando el desgaste de las tropas cristianas alcanzó su punto más crítico, pero la iniciativa no terminaba de inclinarse por ninguno de los bandos. Fue en el momento en que parecía que la caballería almohade podría decidir el resultado de la batalla, cuando se produjo la carga de los tres reyes junto con el grueso de la caballería pesada. La embestida fue brutal y consiguió romper las líneas enemigas, que se vieron obligadas a retirarse en desbandada, sufriendo un gran número de bajas. En medio de este caos, los reyes cristianos consiguieron acceder al real de An-Nasir, que se retiró derrotado a Jaén. El ejército cristiano persiguió a los almohades hasta la caída del Sol. La cruz había vencido a la media luna.
La victoria de las Navas de Tolosa supuso el punto final de la hegemonía musulmana en la Península. El imperio almohade nunca recuperó su antiguo esplendor y los reinos cristianos vieron recompensados sus esfuerzos, lo que afianzó las alianzas entre ellos, allanando el camino hacia su futura unificación.
